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iosonomarco On novembre - 27 - 2005

1 Introduzione
La suite ChemOffice è compatibile con Mac OS 9.x e Mac OS 10.1.x o successivi. Esistono plugin per la visualizzazione delle molecole disegnate con i browser Mozilla 1.0.x e 1.2.x e Netscape 7.x.

2 GUI

2.1 Descrizione della “tools palette” principale

I simboli principali sono descritti da sinistra a destra e dall’alto in basso.
Strumento di selezione “Lazo”.
Strumento di selezione “Marquee.
Permette di ruotare un elemento selezionato nelle tre dimensioni.
Strumento di frammentazione della massa. Serve a separare le molecole lungo legami specifici.
Serve a disegnare i legami.
Permette di cancellare gli oggetti.
Serve a disegnare i legami multipli.
Cliccando l’elemento compare una “palette” che permette di scegliere tra i vari tipi di legami:

Inserisce una casella di testo nel documento
Disegno a mano libera.
Disegna vari tipi di frecce:
Disegna gli orbitali. Possono essere scelti orbitali di diverso tipo:
Permette di disegnare i seguenti elementi:
Si usa per disegnare parentesi:
Disegna alcuni simboli importanti:
Inserisce tabelle nel documento.
Permette di disegnare lastrine TLC.
Disegna catene di qualsiasi lunghezza.
Disegna strutture complesse presenti nei template.
Questi simboli permettono di disegnare i principali cicli.

3 Introduzione all’uso di ChemOffice

Per aprire un nuovo documento bianco è sufficiente digitare “? + N”. Per avere un corretto allineamento delle strutture disegnate può essere utile attivare la griglia e i righelli. La griglia può essere attivata digitando da tastiera il comando “? + H”, oppure selezionando la voce “Show Crosshair” dal menu “View”. Per i righell si deve invece selezionare “Show Rulers” dal menu “View”.

3.1 Disegnare una molecola e ottenere il suo nome IUPAC
1. Si seleziona lo strumento per disegnare gli anelli aromatici e si clicca in un punto qualsiasi del foglio di lavoro. Nel caso si preferisca la notazione in cui l’aromatico è indicato con un cerchio inscritto nell’esagono si deve cliccare tenendo contemporaneamente premuto il tasto ?.

2. Per creare la catena laterale si selezione lo strumento e si aggiunge il legame cliccando con il mouse su un vertice dell’esagono. Si ottiene questa struttura:

3. A questo punto si deve inserire un doppio legame. Si può procedere in due modi. Si può continuare a usare lo strumento per il legame singolo, creare un nuovo legame singolo e poi trasformarlo in doppio legame cliccando al centro del legame appena creato, oppure si può selezionare lo strumento per i doppi legami , e cliccare sull’atomo a cui si vuole aggiungere il legame. Si ottiene questo risultato:

4. Per aggiungere l’atomo di bromo si crea prima un legame singolo, poi si seleziona lo strumento per il testo e si clicca sull’atomo di interesse, quando si è sull’atomo il puntatore del mouse cambia aspetto e assume la forma di una “A” da cui partono quattro linee, si apre una casella di testo nella quale si scrive “Br”. La struttura dello z-bromostirene adesso è completa.

5. Nel caso si voglia ottenere il nome IUPAC (in inglese) della molecola disegnata si deve selezionare il comando “Convert Structure to Name” dal menu “structure”. Per lo zbromostirene si ottiene “1-((Z)-2-bromovinyl)benzene”.

3.2 Ottenere la struttura di una molecola dal nome IUPAC

A volte può essere più comodo ottenere il disegno della struttura a partire dal nome. In questo caso si deve selezionare lo strumento per il testo e scrivere il nome IUPAC della molecola (in inglese), quindi si seleziona l’opzione “Convert Name to Structure” dal menu “Structure”.

3.3 Uso di ChemNMR

Con la versione 8.0 di ChemDraw la previsione degli spettri NMR è notevolmente migliorata.
Per visualizzare gli spettri è sufficiente selezionare la molecola di interesse e dal menu “Structure” scegliere “Predict 1H-NMR Shift” oppure “Predict 13C-NMR Shift”. I risultati ottenuti sono solo stime dello spettro reale, quindi vanno usati come traccia per la giusta interpretazione dello spettro e non come verità assoluta.

3.4 Salvare i documenti

Per salvare un documento nel formato di default .cdx si deve scegliere “Save As” dal menu “file”, quindi si sceglie la cartella di destinazione e il nome del documento. Cliccando su “Save” il documento è pronto per un successivo utilizzo. Se si sta lavorando con un documento che è gia stato salvato in precedenza è sufficiente scegliere il comando “Save” dal menu “File”. È possibile salvare i documenti anche in formati diversi da quello nativo. Si sceglie il comando “Save As” dal menu “File”. Il terzo campo della finestra di dialogo che compare è quello del formato, cliccandoci sopra compare una lista dalal quale scegliere il formato con il quale salvare il documento.

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Categorie: grafica, osX